对于过路费方面，杭州湾跨海大桥北起嘉兴市海盐郑家埭，南至宁波市慈溪水路湾，全长36公里。过桥费根据五类车型分类，并分别收取不同金额：
| 类别 | 费用 |
| 一类车辆 | 每次80元 |
| 二类车辆 | 每次160元 |
| 三类车辆 | 每次240元 |
| 四类车辆 | 每次280元 |
| 五类车辆 | 每次320元 |
关于桥梁设计方面，杭州湾跨海大桥全长29.158公里，由多座航道桥、引桥以及两岸跨海塘引桥组成。其中主要的航道桥包括北航道桥、中航道桥和南航道桥，分别采用斜拉桥结构，并具有不同的主跨长度。该大桥是高速铁路客运专用桥梁，设计时考虑了海域特殊的环境因素以及确保列车高速通行的需求。
此外，为应对各种挑战，大桥项目组通过大量计算和研究工作，设计了世界上跨度最大的高速铁路无砟轨道桥之一：主跨为2×448米三塔斜拉桥。为保证列车通行舒适、安全、稳定，特别注重桥梁刚度和变形控制。
在风大、浪高的条件下修建近30公里的桥梁，为了减小对钱塘江涌潮的影响并保护其生态环境，对海中引桥的跨度和桥墩尺寸提出了很高要求。大桥项目组经过专题研究，最终采用了世界上联长最长的跨约1.8千米的大跨长联混凝土连续梁方案，以减小桥梁尺寸、节省投资，并通过多墩固定和减震措施来优化梁端位移和结构受力。
与此同时，为最大程度保护环境，特别是浅滩区引桥段，项目组进行了桥梁设计的优化，加大了桥跨，减少对滩涂湿地的占用和破坏。也合理规划了施工组织，以降低对经济鱼类和湿地鸟类的影响。
另外，还进行了专项论证，以预防鸟类撞击桥梁，并对桥梁体量、结构形式、防护色和灯光控制等方面进行了专门设计和优化。